Inimigos

O principal inimigo da série é o humano Kurata. Ele criou os digimons Gizumons e invadiu o digimundo em busca de poder, destruindo todos os dados de vários digimons, inclusive da mãe-digimon Yukidarumon de Keenan. Assim, Mercurymon fica com muita raiva dos humanos e de Kurata que ainda destrói o gigantesco digimon Eldoradimon. Mais tarde ele liberta o grande lorde do mau Beelphemon e causa um rasgo dimensional criando um portal entre os dois mundos e um colapso e colisões entre as várias dimensões. Mais tarde até o computador Yggdrasil ameaça os humanos de destruição, mas é contido por Marcus e a DATS e até mesmo pelos Cavaleiros Reais.

Mercurymom (Merukimon)

Sobre: É um digimon no nível mega que administra um setor de uma grande área florestal do digimundo. Mercurymon ou Merukimon mora em um castelo de gelo e tem Keenan como grande amigo, um verdadeiro filho, além de Gotsumon. Mercurymon é um digimon pacífico mas ultimamente tem estado contra os humanos, por causa da interferência desses na vida dos digimons causando a destruição total dos dados de vários digimons bons. Mercurymon é morto por um ataque de Gizumon.

Kurata

Sobre: Kurata é um cientista que ao saber dos digimons e que esses são programas de computador tem sua ambição crescida de forma desmedida e se torna louco ao ponto de unir seu corpo com Beelphemon que é um dos Lordes Demônios do Digimundo. Kurata utiliza os digimons num projeto de medicina secreto para curar os humanos de várias doenças e funde humanos com digimons para obter a cura de pessoas, o que é considerado uma verdadeira aberração. Kurata cria os digimons Gizumon AT e XT para invadir o digimundo após o sumiço do grande desbravador humano Spencer Suguru, o pai de Marcus.  Kurata tem um exército de três humanos-digimons que lutam contra os agentes da DATS, e com a ajuda de Beelphemon cria um rasgo dimensional que possibilita a colisão do mundo real e do Digimundo.

Gizumon AT/XT

Sobre: São dois digimons criados por Kurata, basicamente com um único objetivo, matar digimons e pessoas que interfiram na invasão de Kurata ao mudo real. Os Gizumons tem um grande poder de destruição que elimina até mesmo um digimon na fase mega como Mercurymon. Os Gizumon são muito poderosos e destruiram até mesmo o gigantesco digimon Eldoradimon, e a mãe-digmon de Keenan, a Yukidarumon. Os nomes vem das placas mãe de computador Tipo AT e XT.

BioDigimons

Sobre: São um projeto de Kurata, são a junção de digimons com humanos, com controle mental dos humanos. Ivan, Kouki e Nanami, controlam digimons na fase adulta ou perfeita e seguem as ordens de Kurata, lutando contra os agentes da DATS. São tres pessoas egoístas e ambiciosas que pensam em ganhar cada vez mais poder e também evidência frente a Kurata, caso esse ganhasse muito dinheiro com seus projetos.

Ivan (BioStegomon / Bio Spinomon)
Sobre: Ivan é um humano que se funde com o digimon Stegomon. Ivan não é muito esperto e sempre repete o que fala, com a intenção de ser entendido pelas pessoas. Ivan é derrotado pelo ataque de Rosemon. Ivan entrou no projeto de Kurata para enriquecer sua família, como uma espécie de Mercenário.

Stegomon

Espinomon

Kouki (BioDarkDramon /  Bio Thunderbirdmon)

BioDarkdramon

Sobre: Kouki se funde com Darkdramon. Ele é um rapaz muito cruél, sadico e não mede esforços e nem tem limites quando ataca os digimons pacíficos. Kouki luta contra Marcus e dá muito trabalho para ele, mas é vencido finalmente e sua maldade chega ao fim.

BioThanderbirdmon

Nanami (Bio Quetzalmon / BioLotusmon)

Sobre: Nanami é uma menina fria e ambiciosa por poder. Ela luta contra Thomas e tenta convencer esse a se tornar do mal junto com ela, porém sem sucesso. Se acha muito inteligente e realmente é muito habilidosa em suas lutas contra os mais digimons mais fortes. Se funde com Lotusmon e Quetzalmon (Coatlmon)

BioQuetzalmon

Bio Lotusmon

Beelphemon

Sobre: É um digimau muito poderoso que estava adormecido no digimundo em um digitama que ficava protegido sem o acesso de ninguém, porém Kurata localiza esse artefato e acorda o poderoso Lorde Demônio Beelphemon. Assim, Kurata se une corporalmente a ele. Beelphemon é uma fera muito poderosa e é capaz com o seu poder de abrir buracos dimensionais entre o mundo digital e o digimundo, poder dado por Kurata.

Cavleiros Reais

Sobre: Os Cavaleiros Reais são um grupo de megas digimons com excessão de Magnamon que está na fase adulta mas tem poder sagrado de mega, os quais seguem as ordens de Yggdrasil, o Computador Central do Digimundo. Esse grupo de digimons lutam sempre do lado do bem, porém como seguem as ordens diretas de Yggdrasil, começam a atacar o mundo real, porque o CPU do Digimundo tentava destruir o mundo real. Mais tarde esse grupo de digimons se torna do bem e passam a enfrentar o Computador Deus do Digimundo. Em Digimon 4, dois desses Cavaleiros aparecem e ficam do lado de Lucemon e no mangá Digimon Chronicle eles lutam contra os digimons com Anticorpo-X. Aqui na 5ª Temporada, eles irão lutar contra os agentes da DATS, para cumprir as ordens do tal Deus do Digimundo.

Yggdrasil

Sobre: Yggdrasil ou Kingdrasil é o computador Central do digimundo, como o grande servidor que faz funcionar todo o mundo digital. Yggdrasil é o CPU do mundo digital e coordena todo o tráfego de dados, auxiliando na limpeza também de dados inúteis. Esse computador é considerado o  Deus do Digimundo e tem um grupo de Digimons que seguem as suas ordens diretas, que são os Cavaleiros Reais. Yggdrasil, percebendo o colapso entre os dois mundos invade o mundo real e busca através dos Cavaleiros Reais destruir o mundo humano, e não entende como os digimons podem gostar tanto dos humanos, mesmo depois do que Kurata fez. Assim o CPU entra em pani e é derrotado por Marcus, e posteriormente busca proteger os dois mundos, quando Marcus e os outros humanos mostram que é possível humanos e digimons se tornarem amigos. Yggdrasil estava usando o corpo de Spencer Daimon como morada e pega Marcus de Surpresa.